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随着科学技术的发展，教学内容需要不断更新。随着我国大学教育从专门人才培养转向通才教育的转变，各化学基础课的学时不断缩减，而对学生创新能力和素质的要求却在提高。这三年我们改革了传统的有机化学授课体系，以结构、命名、分离分析及反应类型为主线进行讲解，从而克服了传统的以有机官能团为线索授课体系的弊端，如学时要求较多，内容显得庞杂，不利于初学者的学习掌握，难以增加新的学科增长点内容介绍，不利于学生创新能力的培养等。因此，本课程从2001学年起改用新教学体系替换传统的官能团为主线体系。新体系将全部基础化学知识分为四大部分：一、有机化合物的结构和性质；二、有机化学反应；三、生物有机化合物；四、专题讨论。
??? 第一部分包括有机化合物分子结构基础、饱和碳氢化合物、不饱和碳氢化合物、含杂原子的有机化合物、立体化学、色谱和光谱六章。要求掌握原子结构、价键理论、分子轨道理论和杂化轨道理论等基本理论知识，懂得共价键的结构、非共价力、分子立体结构与性质的一般相关关系；掌握碳氢化合物及含官能团有机化合物的中英文命名、结构特征与表达、以及物理性质变化规律；能全面认识有机化合物的异构现象与立体化学内容；掌握有机化合物纯化和结构研究的色谱与光谱技术的一般原理，并可以运用红外光谱、紫外光谱、质谱、氢核磁共振谱和碳核磁共振谱鉴别基本有机化合物的结构。
第二部分集中对有机化学反应进行分类讲述，包括有机化学反应的基本问题、sp3杂化碳原子的亲核取代反应、消去反应、不饱和碳-碳键的加成反应（含周环反应）、氧化-还原反应、芳环的亲电和亲核取代反应、羰基化合物的亲核加成和取代反应、羰基α-取代反应和缩合反应、分子骨架重排反应和多步骤有机合成等十章。要求懂得运用热力学和动力学的基本原理去认识有机化学反应的规律，掌握有机化学反应历程的一般情况并了解机理研究的一般方法。较系统地掌握有机化合物的各类反应机理及应用，认识有机反应条件及反应物、试剂结构对有机反应的活性及选择性的影响规律，并能灵活地运用各种反应拟定有机化合物的合成路线和方案。
??? 第三部分包括脂、糖、氨基酸多肽和蛋白质、核酸和基因四章。要求掌握主要生物有机化合物如脂、糖、氨基酸多肽和蛋白质的结构、性质特点及其生物功能，并且对生物转化建立起基本认识，掌握酶的作用原理。
??? 第四部分包括有机合成进展、分子识别与超分子化学、药物有机化学（分子机制及设计）、生物转化及其在有机化学中的应用、合成聚合物等内容。根据具体情况可以有选择地开设。有机合成进展专题介绍不对称合成、组合合成、固相合成和固态合成等最新进展。分子识别与超分子化学专题讲解有关的基本概念原理，了解研究方法及发展动态。药物有机专题着重要求掌握药物作用的基本分子机制，药物设计的基本思路、以及杂环化合物合成方法。生物转化专题深入讨论酶催化在有机化学中的应用。
教学内容组织方式与目的：
围绕着不同阶段的教学，我们分别采取了不同的教学方式。
（1）课程的第一部分是有机化合物基本结构部分，以教师讲解为主，配以适当的习题讨论，达到学生清晰准确地掌握基本概念，并能运用于分析基本结构问题的目的，为后期的有机化学学习打下坚实的基础；
（2）课程的第二部分是有机化学的核心部分——反应与合成，采用教师讲解、同学们自己小结，再配以适当的练习方式，达到掌握基本有机化学反应以及运用有关反应实现有机化合物相互转化的目的，同时培养同学们自我进行总结归纳的能力；
（3）第三部分是在基本有机化学内容掌握基础上，学习生物大分子结构与性质，基于同学们已经掌握了有机化学的基本内容和思想，教学中采用布置思考题进行自学与教师重点讲解相结合的方式组织教学，培养学生自我学习的能力；
（4）第四部分是专题讨论即深化提高部分，采取请专家讲专题，同学们查阅资料提交专题报告、小组讨论以及大课报告等多种形式，培养学生提出问题、查阅文献、分析问题以及书面、口头表达能力；
实践性教学的设计思想与效果:
配合全国理科化学基地建设和创新型人才培养，开展课外开放和创新实验。每年课程教学同时，都有一批同学分组开展有机化学相关课题的开放和创新实验。课程结束后的暑假，一批同学加入到有机化学各课题组提前介入科研。不少优秀本科生在本科阶段就取得较好的阶段成果，并已发表科研论文。
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